一个设计合理的实验室能提供一个合格的环境以支持实验能够安全有效地进行。 首先，需要为实验室选择一个合适的物理位置：远离其他操作区域，如，生产或者储运；没有从其他区域进入实验室的直接入口；实验室必须是微生物实验专用；应有专门微生物检测无菌间，并通过缓冲间与准备间等进行区隔。微生物实验室应该有单独的通风系统, 与其无菌检查薄膜过滤器他操作区域的空气供给分开；空调系统的排气必须直接排出实验室, 空调系统应定时清洗, 并关注空气过滤器的清洁。实验室应该是限制进入的, 可以是卡片控制或者其他方式, 只有那些被允许进入实验室的人员才能进入。实验室人员应该有充足的工作区域, 从GLP标准来说, 每人应有20平方米的区域. 充足的工作区域可以避免工作中人员的碰撞, 也避免了交叉污染。实验室的墙面, 屋顶和门都应该是平滑的, 光洁易于清洗消毒的；墙的接缝包括强和墙之间, 强和地面之间应该是弧形的；任何地方都应该不能聚集灰尘, 例如窗台或者窗帘；柜子应该是可移动的或者是不着地的以方便清扫。实验室应有充足的照明, 包括不间断电源或者备用发电机. 样品应无菌采得使用无菌采样袋或无菌检查薄膜过滤器者采样瓶采样员应戴防护手套, 在采样前烧采样口。样品容器应紧闭并安全储存，万一培养基或者样品溅到实验服上， 应在做完一个实验后换上干净的。咳嗽或者鼻塞可能会带来微生物并影响实验，应戴好防护手套面罩 。使用本森灯或者酒精灯, 在实验前点燃。火焰在实验区域产生一个防护层， 可以防止那些悬浮在空气中的微生物掉落在工作台面上或者培养基上。开瓶前， 应用清洁剂的纸巾清洁瓶盖和附近区域，除去盖子上可能留存的微生物。盖子打开后，玻璃瓶口应进行灭菌，可以在酒精灯上方旋转瓶口和螺纹， 一般2-3秒。当打开培养皿时, 不能完全移除盖子, 而应该保持在培养皿的上侧, 从而能够倒入培养基或者样品, 这样可以减少空气灰尘或者微生物的污染。倒完培养基或者样品后, 瓶口重新过火, 盖盖子, 用消毒剂清洁。