科学跟宗教继续分离，一直到十七世纪牛顿的诞生，他又进一步推动自然科学与宗教之间的分离。牛顿的三大定律和万有引力的发现，使科学从宗教中（基督教中）得到了进一步的独立。但薄膜过滤器是我们不要忘记一点，牛顿本人也是一个非常虔诚的基督教徒，他希望通过探索自然界的奥妙来实现对上帝的进一步认识。他非常钟爱他的上帝，他想对上帝了解得更多一点，他了解的方式不是在教堂中祈祷，而是在科学中实验，在科学中探索，他把对科学的探索视作进一步认识上帝真相的手段和途径。从他探索科学的动机和目的就能看出，他不是要远离上帝，正好相反，他是通过对自然界的探索来进一步走近上帝，认识上帝。他认为自然科学的探索并没有阻碍他对上帝的爱，反而加强了他对上帝的爱。也就是说在牛顿的时代，自科学仍然在神灵的笼罩下，在宗教的笼罩下，没有彻底地分离出来。自然科学从宗教中分离出来，经历了一个曲折而漫长的过程。最早的分离开始于公元十五世纪左右，其代表人物是哥白尼和布鲁诺，但这两个人都是非常虔诚的基督教徒。当时的西方社会是基督教一统天下，是一个政教合一的时代。他们在信仰基督教的过程中，一不小心发明了望远镜，透过望远镜进一步了解了太阳、月亮的运行轨迹，这让他们十分震惊，因为他们看到的太阳、月亮和基督教里面说的完全不同。基督教里面说地球是宇宙的中心，宇宙中的各星球是绕着地球转的，包括太阳、月亮等等一切都绕着地球转。而他们薄膜过滤器的发现正好相反，是地球绕着太阳转。这个惊人的发现标志着自然科学和宗教之间的第一次冲突、第一次分离，但是这第一次的分离，自然科学失败了，失败的标志是布鲁诺被宗教裁判所判决为异教徒，而被烧死在罗马鲜花广场上。可以说布鲁诺是第一个为自然科学的诞生与发展，薄膜过滤器。自然科学与宗教根本的分离发生在二十世纪初，爱因斯坦的诞生，宗教的色彩大大地退化。爱因斯坦也是一个宗教徒，但是他的宗教色彩比牛顿淡多了，在他的心目中，上帝的身份和上帝的内涵发生了根本性的变化。有人曾经问过爱因斯坦：“你信上帝吗？”他说：“我不大好说，我是信上帝的，但是我的这个上帝跟教堂里那个上帝不是同一个。在我眼中，上帝就是自然界的规律和法则，我无比信任自然界的规律和法则，我相信自然界的万物是在严格的法则和规律下运行，没有任何一个事物离开规律和法则的制约与掌管。因此，在我眼中，上帝等于法则，我眼中的上帝就是物理学法则。”至此，自然科学跟宗教是平等关系了，不是谁笼罩谁，谁主宰谁，终于平起平坐了。